Ale také v účincích na biodiverzitu. Nikdo totiž nemá šanci uhlídat, jak a s čím se GMO zkříží. Díky krátkozrakému využití GMO tedy může docházet k nepředvídatelnému vymírání různých druhů hmyzem počínaje a dalšími živočichy na něj navázanými konče.
Navíc v situaci, kdy se ne GMO zkříží s GMO a objeví se škůdce rezistentní progi GMO organismu, může tento škůdce snadno zničit taky pole pěstitele, který ve skutečnosti pěstovat GMO vůbec nechtěl, ale zasel osivo, které pocházelo z plodiny obsahující geny GMO, byť se o GMO původně vůbec nemělo jednat. Pokud vím, tak takové rostliny existují již nyní v Jižní Americe.
Nevýhodou GMO je také jeho snadná navázatelnost na obchodní modely. Pokud někdo vytvoří GMO tak, aby museli zemědělci platit větší peníze za chemické postřiky, může to být vážný problém. Ostatně v Indii mají s podobným jednáním fy Monsanto své trpké zkušenosti.