K farmaceutických účelům se pohanka sklízí začátkem kvetení při výšce rostlin 20-25 cm, tj. asi 30-40 dní po zasetí. Pohanka nerovnoměrně kvete a nestejnoměrně dozrává, což podstatně zvyšuje sklizňové ztráty. Pohanku je třeba sklízet v době, kdy dvě třetiny nažek jsou zralé,dále se rostlina dosušuje.