Největšího účinku transplantace se dosahuje, pokud je použitu větší množství transplantátu. Na některých klinikách dávají třeba jen půl litru, což nemusí být vždy dostatečné. Kliniky, co mají nejlepší výsledky, dávají vždy 2 litry nebo více. Toho půl litru transplantátu sice stačí na léčbu akutních střevních zánětů, ale pokud jde o léčbu autoimunitních chorob, je potřeba co největší objem transplantátu, prostě naplnit celé pacientovo střevo.