Systémová kandidóza je také infekční onemocnění vyvolané přemnožením jinak neškodných kvasinek řádu Candida albicans, na rozdíl od povrchové kandidózy představuje život ohrožující stav. V tomto případě je totiž přemnožení kvasinek tak obrovské, že napadá buď celé systémové soustavy – velmi často trávicí trubici – nebo samotný krevní systém, jímž je roznesena do celého těla.
Systémová kandidóza se objevuje zejména u lidí s oslabeným imunitním systémem – často nemocných trpících AIDS – nebo také v případech, kdy triviální povrchová kvasinková infekce nebyla léčena či doléčena.
V případě, že se kvasinky dostanou do krve a jsou rozneseny do tkání, vyvolávají rozsáhlé záněty – zápaly – zápal plic, sítnice oka, mozku ale i srdečních chlopní. Mimořádně nebezpečná tzv. kandidózní sepse – zánětlivá reakce organismu na přítomnost kvasinkové infekce v krvi, která zpravidla vede k postupnému selhávání orgánů i smrti.
Při systémové kandidóze je třeba vyhledat lékařskou pomoc, ve většině případů je totiž nutné podat antimykotikum v podobě transfuze přímo do krevního oběhu.