Střevní mikrobiom neboli mikrobiota je komunita mikroorganismů, zejména bakterií, ale i hub, virů či prvoků. Obývají naši kůži, sliznice a trávicí trakt. Je jich obrovské množství různých druhů a jsou na sebe napojeny řadou vzájemných vztahů.
Mikrobiom má důležitou imunitní funkci, pomáhá s trávením některých jinak nestravitelných součástí potravy, produkuje mastné kyseliny s krátkým řetězcem, které vyživují sliznici našeho střeva, a v poslední době se zkoumá také jeho vliv na psychiku člověka nebo na hubnutí.